藥廠(chǎng)工藝流程設(shè)計(jì)是一項(xiàng)非常復(fù)雜而細(xì)致的工作，除極少數(shù)非常簡(jiǎn)單又比較成熟的工藝流程外，都要經(jīng)過(guò)由淺入深、由定性到定量、反復(fù)推敲和不斷完善的過(guò)程。一般工藝流程設(shè)計(jì)可按如下基本工作程序進(jìn)行。
一、工藝路線(xiàn)的選擇
當(dāng)一種產(chǎn)品存在若干種不同的工藝路線(xiàn)時(shí)，應(yīng)從工業(yè)化實(shí)施的可能性、可靠性和先進(jìn)性的角度，對(duì)各工藝路線(xiàn)進(jìn)行全面細(xì)致的分析和研究，并確定一條最優(yōu)的工藝路線(xiàn)，作為工藝流程的設(shè)計(jì)依據(jù)。
二、確定工藝流程的組成和順序
根據(jù)選定的工藝，確定工藝流程的組成。
在確定產(chǎn)品、產(chǎn)品方案（品種、規(guī)格、包裝方式）、設(shè)計(jì)規(guī)模（年工作日、日工作班次、班生產(chǎn)量）及生產(chǎn)方法的條件下，按GMP的要求對(duì)產(chǎn)品的生產(chǎn)工藝過(guò)程按產(chǎn)品類(lèi)別和品種劃分成若干個(gè)工序，確定每一步加工單元操作的生產(chǎn)環(huán)境、潔凈級(jí)別、人凈物凈措施要求、制劑加工、包裝等主要生產(chǎn)工藝設(shè)備的工藝技術(shù)參數(shù)和載能介質(zhì)的規(guī)格條件。
三、繪制工藝流程框圖
當(dāng)工藝路線(xiàn)及工藝流程的組成和順序確定之后，可用方框、文字和箭頭等形式定性地表示出由原料變成產(chǎn)品的路線(xiàn)和順序，繪制成工藝流程框圖。
工藝流程框圖是物料衡算、設(shè)備選型、公用工程（種類(lèi)、規(guī)格、消耗）、車(chē)間布置等項(xiàng)工作的基礎(chǔ)，需要在設(shè)計(jì)工作中不斷進(jìn)行修改和完善。
四、繪制工藝流程示意圖
在工藝流程框圖的基礎(chǔ)上，分析各過(guò)程的主要工藝設(shè)備，在此基礎(chǔ)上，以圖例、箭頭和必要的文字說(shuō)明定性地表示出由原料變成產(chǎn)品的路線(xiàn)和順序。
在生產(chǎn)路線(xiàn)確定后，物料衡算之前給出。由物料流程和設(shè)備組成，包括以一定幾何圖形表示的設(shè)備示意圖，設(shè)備之間的豎向關(guān)系，全部原輔料、中間體、三廢名稱(chēng)及流向，必要的文字注釋。
五、繪制物料流程圖
當(dāng)工藝流程示意圖確定之后，即可進(jìn)行物料衡算和能量衡算。此時(shí)設(shè)計(jì)由定性轉(zhuǎn)為定量。
工藝流程示意圖完成后，開(kāi)始進(jìn)行物料衡算，再將物料衡算結(jié)果注釋在流程中，即成為物料流程圖。它說(shuō)明車(chē)間內(nèi)物料組成和物料量的變化，單位以批（日）計(jì)（對(duì)間歇操作）或以小時(shí)計(jì)（對(duì)連續(xù)操作）。物料流程圖作為初步設(shè)計(jì)的成果，需編入初步設(shè)計(jì)說(shuō)明書(shū)中。
六、繪制初步設(shè)計(jì)階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖
帶控制點(diǎn)的工藝流程圖是指各種物料在一系列設(shè)備（及機(jī)械）內(nèi)進(jìn)行反應(yīng)（或操作）最后變成所需要產(chǎn)品的流程圖。當(dāng)物料流程圖確定之后，即可進(jìn)行設(shè)備、管道的工藝計(jì)算及儀表自動(dòng)控制設(shè)計(jì)。在此基礎(chǔ)上，可繪制出初步設(shè)計(jì)階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖，并列出設(shè)備一覽表。最后，將帶控制點(diǎn)的工藝流程圖作為設(shè)計(jì)的正式成果編入初步設(shè)計(jì)階段的設(shè)計(jì)文件中。
七、繪制施工設(shè)計(jì)階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖
初步設(shè)計(jì)階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖經(jīng)過(guò)審查批準(zhǔn)后，按照初步設(shè)計(jì)的審查意見(jiàn)，對(duì)工藝流程圖中所選用的設(shè)備、管道、閥門(mén)、儀表等做必要的修改、完善和進(jìn)一步的說(shuō)明。在此基礎(chǔ)上，可繪制出施工階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖。
在通常的二段設(shè)計(jì)中，初步設(shè)計(jì)階段的主要成果是初步設(shè)計(jì)階段的帶控制點(diǎn)的工藝流程圖；在施工圖設(shè)計(jì)階段的主要成果是施工階段的帶控制點(diǎn)的工藝流程圖。