一、對于藥廠設計來說，生物制品有菌（毒）操作區(qū)與無菌（毒）操作區(qū)應有各自獨立的空氣凈化系統(tǒng)。來自病原體操作區(qū)的空氣不得循環(huán)使用，來自危險度為二類以上病原體的空氣應通過除菌過濾器排放。
二、下列場合，其空氣凈化系統(tǒng)不得回風。
a.產(chǎn)生易燃易爆氣體的生產(chǎn)操作間，如使用溶劑的原料精制、干燥，使用酒精的片劑包衣和濕法制粒、干燥等
b.產(chǎn)生大量濕熱蒸汽的場合，如需要加熱至沸的藥液配制。
c.產(chǎn)生粉塵的生產(chǎn)操作間，如固體制劑物料的粉篩、稱量、混合、制粒、整粒、壓片、膠囊充填、顆粒包裝等均需考慮捕塵處理，如經(jīng)捕塵處理仍不能避免交叉污染時，其空氣凈化不得利用回風。
d.產(chǎn)生有毒有害物質的生產(chǎn)操作間，如病原體操作區(qū)必要時排至室外的廢氣要采取高效過濾器凈化，如青霉素類、激素類、危險度為二類以上病原體操作區(qū)等的排氣應經(jīng)高效過濾器凈化
三、青霉素等高致敏性藥品的精制、干燥和分裝，強毒微生物操作區(qū)，芽孢菌制品操作區(qū)，產(chǎn)塵量大的操作室，如固體制劑的稱量、粉篩、制粒、壓片、填充膠囊等，應與室外保持微正壓，與鄰室保持相對負壓。
四、生產(chǎn)中的藥渣、煤渣必須隔離堆場，及時外運，不得對廠區(qū)環(huán)境產(chǎn)生污染。生產(chǎn)、工作中產(chǎn)生的垃圾應放在密閉容器或袋中，垃圾轉運站要遠離生產(chǎn)區(qū)，并及時外運，廠區(qū)內不準堆存垃圾，最好不設置垃圾轉運站，保持隨時有，隨時外運。
五、工藝設備材質應保證不會與藥物或空氣和水發(fā)生化學反應。
六、輸送藥液、純化水、注射用水的管道要有防止微生物滋生和污染的措施，如循環(huán)、保溫（冷）等，管道布置要求不積液、不積氣，要考慮消毒或滅菌設施（純蒸汽、臭氧、紫外、巴氏），并采用衛(wèi)生型閥門。
七、無菌作業(yè)區(qū)不得設置地漏，其他潔凈室（區(qū)）也要盡量少設地漏，如固體制劑車間除清洗區(qū)外，潔凈室（區(qū)）內最好不設地漏，以免地漏周圍潮濕的空氣吸附粉塵，造成難以克服的污染。